Công ty Bột Mì Bình Đông có lịch sử hình thành và đi vào hoạt động từ đầu những năm 1970, do các chủ tư nhân đứng tên sở hữu. Sau ngày miền Nam hoàn toàn giải phóng, thì tháng 04/1975 nhà máy được tiếp quản và đưa vào hoạt động theo chế độ công quản trên cơ sở hợp thành từ 2 nhà máy cũ có tên là SAKYBOMI và VIFLOMICO.
Hai nhà máy với 5 dây chuyền sản xuất được cung cấp bởi hai hãng chế tạo thiết bị xay xát lúa mì nổi tiếng thế giới là BUHLER và MIAG theo công nghệ hiện đại.
Năm 1977, Bộ Lương Thực có quyết định chính thức thành lập xí nghiệp liên hiệp xay xát Bột Mì Bình Đông (tiền thân của Công ty Bột Mì Bình Đông).
Năm 1993, công ty được đổi tên thành Công Ty Bột Mì Bình Đông theo quyết định số: 26NN-TCCB/QĐ ngày 08/01/1993 của Bộ Nông Nghiệp và Phát Triển Nông Thôn.
Trong năm 1995, công ty được Sở Kế Hoạch và Đầu Tư Tp.Hồ Chí Minh cấp giấy phép đăng ký kinh doanh số: 109872 ngày 26/10/1995.
Năm 2004, Công Ty Bột Mì Bình Đông từ doanh nghiệp thành viên hoạch toán độc lập thành đơn vị hoạch toán phụ thuộc Tổng Công Ty lương Thực Miền Nam, theo quyết định số 36/QĐ ngày 22/04/2004 của Hội đồng quản trị Tổng Công Ty Lương Thực Miền Nam.